Wsus не видит клиентов с одинаковыми SID 

Смена идентификаторов безопасности не требуется, машины с одинаковыми SID вполне корректно работают в одной подсети. Все что требуется для устранения неполадок с WSUS — сменить регистрационные идендификаторы клиента. Подробнее описано на сайте Microsoft. Привожу готовый батник для запуска на клиенте:

wsus_client_reset.bat

net stop wuauserv
reg delete HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate /v PingID /f
reg delete HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate /v AccountDomainSid /f
reg delete HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate /v SusClientId /f
reg delete HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate /v SusClientIDValidation  /f
del /f /s /q %WinDir%\SoftwareDistribution\*
net start wuauserv
wuauclt.exe /resetauthorization /detectnow
pause

Программу newSID.exe убрали с сайта sysinternals, она не решает данной проблемы,  необходимо провести выше указанную процедуру.